A középázsiai juhászkutya nem csak a színezet, de a szőrzet hosszát illetően is nagy eltéréseket mutat. Általánosan elmondható, hogy a fedőszőr durva és egyenes, az aljszőr pedig igen sűrű, dús. A fejen és a lábakon található szőrzet egyenes és rövid, a bőrhöz simuló. A hosszabb szőrrel rendelkező egyedeknél a fedőszőrzet akár 7-8 cm hosszúságú is lehet, ez esetben a nyakon, a fülek mögött, a farkon és a lábakon szép, hosszú bunda alakul ki.
Az aljszőr télen jó hőszigetelő, ami a fajta őshazájának ismeretében nem egy hátrány, azonban vedlési időszakban az elhalt aljszőr nem mindig tud magától kihullani. Ezért nagyon fontos a rendszeres, heti gyakoriságú átkefélés, melyet vedléskor sokkal gyakrabban kell megejteni. Ne hagyja, hogy a vedlési időszakban „lemezek” alakuljanak ki a kutyán elhalt szőrszálakból, és fordítson figyelmet a nyak, fültövek és a hajaltok csomósodására is. Vedlési időszakban elengedhetetlen a két-háromnaponként megejtett bontás, mert csak így lehet elkerülni a bőrre páncélként tapadó filceket és a teljes lekopaszítás veszélyét.
Nyírást a fajta egyáltalán nem igényel. Ha szükséges a fürdetés, akkor szárítás alatt folyamatosan kefélni kell a bundát, így segítve az elhalt szőrök kihullását.
